長期研究蝙蝠冠狀病毒的中科院武漢病毒所石正麗等人在新冠病毒（SARS-Cov-2）的溯源工作方面繼續推進。當地時間5月31日，來自美國環保生態健康聯盟（EcoHealth Alliance）、中國科學院武漢病毒研究所、廣東省生物資源應用研究所、澳大利亞昆士蘭大學、杜克大學-新加坡國立大學醫學院的研究團隊在論文預印本平臺BioRxiv上聯合發表了一項研究，題為 “中國蝙蝠冠狀病毒的起源與跨種傳播（Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China）”。

蝙蝠是SARS-Cov、SARS-Cov-2等多種冠狀病毒（CoVs）的天然蓄水池，然而目前科學界對冠狀病毒的進化和多樣性仍所知甚少。研究團隊利用貝葉斯統計框架和中國所有已知的蝙蝠冠狀病毒（包括630個新的冠狀病毒基因序列）的序列數據分析了它們的宏觀進化、跨物種傳播和在中國各地的分布情況。

研究團隊發現，與β冠狀病毒相比，α-冠狀病毒的宿主切換更頻繁，且能跨越親緣關系更遠的其他宿主，而β-冠狀病毒受宿主限制更大。結果表明，菊頭蝠屬（Rhinolophus）及其下的菊頭蝠科（Rhinolophidae）的科間和屬間的宿主切換最為常見。這項分析還確定了中國冠狀病毒進化多樣性熱點的宿主分類群和地理區域。

研究團隊認為，這項研究可能有助于發現蝙蝠冠狀病毒，用于主動監測人畜共患病。他們提示SARS-CoV-2可能起源于菊頭蝠屬蝙蝠，而與菊頭蝠相比，全長基因組分析顯示馬來穿山甲不太可能是新冠病毒的起源。

該項研究的通訊作者為美國非盈利組織環保生態健康聯盟疾病生態學家Peter Daszak教授，中科院武漢病毒研究所新發傳染病研究中心主任、中科院高致病性病原生物學與生物安全重點實驗室主任石正麗研究員。

研究包括630個大小在440bp左右的冠狀病毒RNA依賴RNA聚合酶(RdRp)基因部分序列，這些測序樣品來自中國各地采集的蝙蝠肛拭子或糞便；另外還包括608個序列，來自不同研究團隊在GenBank中已發表的中國蝙蝠冠狀病毒基因序列。

研究團隊使用冠狀病毒RdRp基因序列數據群，通過貝葉斯法重建系統發育樹，分析了蝙蝠α-冠狀病毒和β-冠狀病毒的祖先宿主。

α-冠狀病毒的系統發育樹顯示，蝙蝠α-冠狀病毒由七個家系（L1-L7）組成，對應不同亞屬。其中第一個α-冠狀病毒家系對應于Rhinacovirus亞屬，起源于菊頭蝠科蝙蝠（rhinolophid bats），它包含蝙蝠冠狀病毒HKU2相關和SADS相關的冠狀病毒。

另外6個家系起源于蝙蝠科蝙蝠（vespertilionid bats）。Decacovirus亞屬主要包括來自菊頭蝠科和蹄蝠科的HKU10相關冠狀病毒。此外，Myotocovirus、Pedacovirus和另一個尚未經確認的亞屬包括來自蝙蝠科的HKU6、HKU-10、512相關的冠狀病毒。Nyctacovirus亞屬包括來自蝙蝠科的冠狀病毒，Minunacovirus亞屬則包括來自長翼蝠科的HKU7、HKU8、1A、1B等冠狀病毒。

研究團隊認為，這7個家系表明蝙蝠之間發生頻繁的跨種傳播事件，菊頭蝠科和蝙蝠科最有可能是蝙蝠α-冠狀病毒的祖先宿主。

β-冠狀病毒則由四個亞屬組成。Merbecovirus亞屬以蝙蝠科作為宿主，包括MERS相關冠狀病毒、HKU4、HKU5冠狀病毒；Nobecovirus亞屬來自狐蝠科，包括HKU9冠狀病毒； Hibecovirus亞屬來自蹄蝠科；Sarbecovirus亞屬主要包括來自菊頭蝠的SARS相關冠狀病毒和HKU3冠狀病毒。

研究團隊還指出，在Sarbecovirus亞屬進化樹上，新冠病毒SARS-CoV-2和來自馬來菊頭蝠、中菊頭蝠以及穿山甲的冠狀病毒親緣關系最近。

研究團隊認為，蝙蝠β-冠狀病毒的進化祖先宿主也可能是菊頭蝠科和蝙蝠科蝙蝠。

研究團隊還比較了α-冠狀病毒和β-冠狀病毒的跨種傳播情況。結果顯示，α-冠狀病毒跨科傳播的發生率是β-冠狀病毒的5倍。在α-冠狀病毒中，來自菊頭蝠科和長翼蝠科的跨科傳播更加常見；而對β-冠狀病毒來說，來自菊頭蝠科的跨科傳播最為常見。

研究團隊還利用貝葉斯離散地理模型研究了中國蝙蝠冠狀病毒在不同區域的傳播擴散特征，他們將中國各地劃分為6個動物地理區域：西南地區（SW）、北方地區（NO）、中北部地區（CN）、中部地區（CE）、南方地區（SO）和海南島（HI）。

結果顯示，在α-冠狀病毒中，包括HKU2、SADS冠狀病毒在內的Rhinacovirus亞屬成員可能起源于南方地區；其它α-冠狀病毒可能起源于西南地區并傳播到其它地區。

在β-冠狀病毒方面，南方地區可能是Merbecovirus亞屬（包括HKU4、HKU5冠狀病毒）和Sarbecovirus亞屬（包括HKU3和SARS相關冠狀病毒）的起源地。Nobecovirus（HKU9）和Hibecovirus亞屬可能起源于西南地區。β-冠狀病毒隨后可能出現了由南方地區和中部地區向其他地區的擴散；最近也觀察到由北方地區向南擴散。

研究團隊以每單位時間估計遷移率來看，α-冠狀病毒是β-冠狀病毒的兩倍多，南方地區是α-冠狀病毒是β-冠狀病毒總遷移事件發生最多的地區。α-冠狀病毒在南方地區遷入和遷出事件最多，β-冠狀病毒在北方地區和南方地區遷出事件最多，在南方地區和西南地區則遷入事件最多。

總的來說，研究團隊認為，菊頭蝠在中國蝙蝠α-冠狀病毒的歷史演化進程和跨種傳播中扮演著重要角色。

另外，他們強調，對國內而言，未來的采樣和病毒發現應重點關注中國南部和西南部這兩個冠狀病毒多樣化的熱點地區，也要關注有類似蝙蝠物種生活的鄰近國家。他們提到，不能排除緬甸、老撾、越南或其他東南亞國家作為SARS-CoV-2祖先病毒的起源地。