潘文忠辭職后，臺當局教育部門新任一把手出爐。

據島內媒體中時電子報、聯合新聞網消息：4月16日，臺當局行政部門宣布，新任當局教育部門負責人將由東華大學原校長吳茂昆接任，19日正式上任履職。

68歲的吳茂昆1987年與朱經武博士發現世界第一個高于液態氮溫度的超導體，并曾因此獲諾貝爾物理學獎提名，1989年后返臺任教，1998年當選為“中研院院士”。

此前，臺當局前任教育部門負責人潘文忠因“卡管（阻止管中閔就任臺大校長）”不力，向臺當局行政部門負責人賴清德請辭。潘文忠也在辭職后向媒體表示，希望“卡管”事件各方能停止政治操作。

不過，就在賴清德核定“中研院院士”、東華大學原校長吳茂昆接任臺教育部門負責人之后，關于吳茂昆的爭議之聲就漸漸響起。

據中時電子報、東森新聞網等島內媒體報道，就在吳茂昆19日正式上任當天，遭其前同事、臺灣東華大學教授王純娟告發其涉嫌貪污罪。王純娟狀告吳茂昆在擔任校長期間，詐領該校講座獎助金以及特殊人才彈性薪資達804萬元新臺幣。

臺當局行政部門極力為吳茂昆申辯，稱吳茂昆在擔任東華大學校長之前就已被聘任為該校講座教授，領取獎助金沒有自肥嫌疑。

王純娟卻指出，吳茂昆在2012年1月19日就任東華大學校長，專任教授與講座教授的聘期卻是同年1月23日，與臺當局說的吳茂昆受聘為教授的時間先于就任校長的說法不同，質疑臺當局是在為吳茂昆擦脂抹粉。

“民進黨是不是已經沒有人了，只能找他？”王純娟向媒體指控，吳茂昆在東華的前3年期間，有高達6成以上天數請假。另外還被爆將原本1坪200元新臺幣的地皮炒至1坪10萬新臺幣。

東華大學企管系教授池文海也說，吳剛上任校長時，找前校長第一件事，竟然不是商討校務，而是確認領有多少薪資。

池文海說，校內有許多教職員都有同感，認為吳茂昆只是來撈錢，當了4年的校長，卻沒有一天搞清楚狀況。更批評“一個被‘監察院’查辦的人，竟然厚顏無恥敢接道德崇高的‘教育部長’”，蔡英文當局真是沒人可用了，找了一個更糟糕的人。

吳茂昆在所謂“太陽花學運”期間表現活躍，聲援綠營。池文海表示，（吳茂昆的做法）“根本是為了官位，士大夫無恥！”

質疑聲傳出后，東華大學秘書處表示，這些都是教職員的個人意見，并不能代表校方立場，相關情事都經主管機關厘清及調查，校方不便對此發言。吳茂昆本人則回應，“這是舊案重提了，這些事早由‘監察院’調查結案，完全背離事實。”

島內多家媒體發文隨后質疑，管中閔因為不屬于綠營就一直無法就任臺大校長，吳茂昆爭議一堆卻因為屬于綠營就可以當上教育部門負責人，臺當局大搞“雙重標準”，“蔡政府究竟是嚴以律人，寬以待己？還是逢藍必反？應該說清楚”。

針對“卡管”事件，吳茂昆19日走馬上任臺當局教育部門負責人后，接受媒體聯訪時表示，還有很多細節要了解，但他希望可以很快處理，希望能一次性解決。