3月31日，南京全市符合條件的初中三年級、職教高考年級師生員工將返校復學。該市新冠肺炎疫情聯防聯控工作指揮部學校防控組的通告稱，其他學段、年級返校復學安排將根據防控形勢，報經指揮部批準后提前公布。

16日起，南京全市中小學（含中等職業學校、特殊教育學校、外籍人員子女學校、技工學校等）暫停線下教學，轉為線上教學；幼兒園暫停入園，開展線上居家生活指導。后經市疫情防控指揮部批準，全市普通高中三年級師生員工于24日下午返校復學。

對返校復學相關問題，“南京發布”答疑稱，列為第二批次返校復學的初三年級、職教高考年級所在學校不位于中高風險地區，也不在封控區、管控區內，均嚴格落實返校復學驗收標準。返校復學前，師生員工和家庭同住人員要做好個人健康管理，盡量減少外出，報到時須提供本人及家庭同住人員返校前三天內兩次核酸檢測陰性證明及無異常的健康碼、行程卡。暫不能返校的師生員工包括：實際居住地在中高風險地區、封控區、管控區內，或14日內到過上述區域的；本人或家庭同住人員從外市返寧，尚未按規定完成健康管理的；仍在集中隔離、居家隔離、居家健康監測管理期內的。