9月22日，環保部官網通報了水專項有關問題的處理情況，因資金管理問題，包括中國環境科學研究院（下稱中國環科院）院長孟偉、副院長宋永會在內的多位課題負責人被行政處分，沈陽大學、東北大學等科研單位則被追回撥付的相關課題經費。

環保部公開信息顯示，水專項全稱水體污染控制與治理科技重大專項，是我國2006年-2020年16個重大科技專項之一，意在解決制約社會經濟發展的重大水污染科技瓶頸問題，是一個總經費概算300多億元的水污染治理科技項目。

2015年2月，中央第三巡視組向環保部反饋巡視情況時，組長吉林曾點名水專項問題，并提出意見建議：加強水專項資金監管，建立健全監督獎懲機制，強化課題負責人和專家紀律約束，確保資金廉潔高效使用。

環保部部長陳吉寧彼時在情況反饋會議上強調，要以水專項資金管理為重點，大力加強環保資金項目安全監管。

此次披露的信息顯示，環保部黨組、中紀委駐環保部紀檢組、監察局會同有關部門，對中央第三巡視組反饋意見中提出的中國環科院“重復立項、虛假立項套取資金”、“示范工程貼牌套取資金”兩方面問題進行了調查。

經查，“重復立項、虛假立項套取資金”問題涉及內容抄襲、多頭交賬，濫用經費、疏于監管等。

“示范工程貼牌套取資金”則主要涉及四方面：責任關系錯位，立項程序失范；主體責任缺失，技術把關失真；項目選擇隨意，“貼牌”問題嚴重；財經紀律意識淡薄，違紀違規問題突出。

環保部依紀依規對相關技術、課題負責人進行追責。其中，水專項技術總師、第一技術責任人、總體專家組組長、中國環科院院長孟偉被行政警告；課題負責人、中國環科院副院長宋永會被行政記過；子課題負責人、中國環科院清潔生產中心主任喬琦受行政警告處分；子課題負責人、中國環科究院曾萍、彭劍峰受行政警告處分；約談子課題負責人、遼寧省環科院代秀蘭、東北大學蔡九菊；中國環科院張林波、富國被誡勉談話，并暫停其3年內承擔環?？蒲许椖康馁Y格。

同時，對“十一五”期間水專項部分課題實施過程中存在問題、負有領導責任的時任水專項辦有關負責同志，進行誡勉談話；責成科技司(水專項辦)結合落實巡視意見,研究提出整改措施，修改完善重大水體專項科研項目相關管理制度，認真履行監管責任。

同時，約談遼寧省水專項辦負責人，暫停當事專家3年內參與水專項評審評估資格；全面審計遼河課題承擔單位“北京碧水源公司”承擔的在研課題，暫停其今后3年內申報環?？蒲许椖康馁Y格；因未認真履行法定責任、提供虛假審計信息，北京中銘洲會計師事務所被取消承擔環保經費財務審計的資格。

通報信息顯示，對于工作質量不高，甚至提供虛假審計信息等行為的中介機構，“要一律清除出庫，不得再次承擔環保部財務驗收審計任務”。

此外，環保部還責成中國環科院收回以“技術服務”名義，撥付沈陽大學的42萬元、撥付遼寧石油化工大學高科技開發中心的3.4萬元課題預算外經費；責成東北大學、撫順市環科院、大連理工大學等單位調整會計賬目，追回有關財政資金；將相關課題承擔單位涉嫌違紀違規問題線索移送屬地紀檢監察部門調查處理；責成有關部門就課題承擔單位在課題經費管理使用中存在的問題約談單位負責人,進一步加強水專項資金監管工作。

在環保部此前4月份的一次整改情況通報中，浙江大學、北京大學、北京碧水源公司也曾因水專項資金管理問題被約談，因存在虛假合同、重復立項、虛假立項、示范工程“貼牌”、虛假發票、虛假業務套取資金問題，3所單位被要求限期整改，有關責任人受到黨紀政紀處分及刑事處罰。